La ceremonia se celebró en la Iglesia de Holmen (Holmens Kirke) de Copenhague, la misma en la que fue bautizada Margarita. En su origen (1563), no era un templo, sino una forja que fabricaba anclas para los astilleros de Bremerholm. Cuando Christian IV mandó construir un barrio residencial para los oficiales de la Armada en el mismo Bremerholm, surgió la necesidad de que los marineros tuvieran su propia iglesia. La fragua fue consagrada el 5 de septiembre de 1619, comenzando así la historia de la nueva Iglesia de Holmen.
Entre 1641 y 1646 se realizó una importante ampliación, convirtiéndola en una iglesia cruciforme. Se incorporó una torre al edificio para camuflar la chimenea de la antigua fragua humeante, que se veía desde el Castillo de Copenhague, hoy Palacio de Christiansborg. También se igualó en altura el resto de la estructura. Leonhard Blasius fue el constructor. Los muros son de teja sobre bloques de granito.
El gran retablo de roble fue realizado por Abel Schrøder el Joven, un tallista de Næstved. En el eje central del retablo se representan motivos de la Pasión de Cristo, ilustrados con gran riqueza de detalles y un amplio elenco de personajes.
En el panel inferior está la Última Cena, visible para los invitados a la comunión de la iglesia, con los apóstoles reclinados en la mesa. Justo arriba, Jesús rezando en el Huerto de Getsemaní. En el gran panel central aparece la Crucifixión en el Gólgota. En el panel de arriba, Jesús está enterrado. Los dos paneles superiores muestran la Resurrección y la Ascensión, y el retablo está coronado en la parte superior con Cristo como juez del mundo, sentado con los brazos extendidos y los pies sobre el globo.
Hay ocho figuras en el retablo que representan la Fe, la Esperanza, el Amor y la Justicia en la parte inferior y la Misericordia, la Sabiduría, la Fuerza y la Inocencia en la parte superior. En el retablo están los monogramas en oro del Rey Federico III y la Reina Sofía Amalia.
El púlpito de 1662, al igual que el retablo, es de roble, obra de Abel Schrøder. Bajo el púlpito se sienta Moisés con las tablas de la Ley. También tiene los monogramas y coronas de Federico III y Sofía Amalia. Es el púlpito más antiguo de Copenhague y el más ricamente decorado. Se alza desde el suelo hasta el techo y representa la historia cristiana desde Moisés hasta Jesucristo.
La pila bautismal de 1646 se encuentra en el corte transversal del centro de la iglesia. La fuente es de hierro forjado, con pinturas y dorados. En el cuenco en forma de copa hay cabezas masculinas y femeninas de horca y el monograma de Christian IV. La pila fue realizada por Hans Svitzer, un herrero de Holmen. En 1853 fue entregada al Museo Nacional, pero volvió a la iglesia en 1921. Para sustituirla durante su ausencia, se realizó otra pila en 1872. Diseño de Ludvig Fenger, fue realizada por el escultor Evens en mármol negro y piedra arenisca.
El aspecto actual de la iglesia de Holmen se asemeja mucho al de la renovación de 1872, excepto por el color. Sus paredes están encaladas y el techo de bóveda de cañón está decorado con estuco. Del techo de la iglesia cuelga una maqueta del barco "Christianus Quintus" de Niels Juel.
La maqueta y el estuco se repararon a principios del siglo XX, ya que fue necesario debido al hundimiento de la construcción. Para preparar la boda de la Princesa Heredera en 1967, la iglesia se sometió a una importante restauración. Esto incluyó el cambio del suelo de madera por otro de piedra.
La iglesia de Holmen contiene varios epitafios y monumentos funerarios, principalmente del siglo XVII. En épocas anteriores, la venta de parcelas de enterramiento bajo el suelo de la iglesia era una de las principales fuentes de ingresos y, ocasionalmente, se erigía un epitafio con los nombres y retratos de los difuntos. Los epitafios de la iglesia de Holmen fueron pagados y erigidos principalmente por ciudadanos y clérigos prominentes de la ciudad, así como por miembros de alto rango de la marina danesa.
En 1705 se inició la construcción de una gran cripta bajo la dirección de Johann Conrad Ernst. La intención del constructor era crear un espacio de dos niveles, con la planta inferior dispuesta para albergar 34 cámaras funerarias, mientras que la planta superior debía quedar libre, decorada únicamente con lápidas de personajes destacados. Este plan se invirtió en 1709, cuando se construyó el mausoleo del gran Almirante danés Niels Juel con su mujer y sus dos hijos. Debajo del busto retrato de Niels Juel se encuentra el famoso homenaje de Kingo al héroe naval y a los costados hay relieves en piedra arenisca de las famosas batallas navales en las que participó.
Con el tiempo, se añadieron otros sarcófagos. La más famosa es la tumba del Vicealmirante Tordenskiold. También se puede ver la placa conmemorativa "Pro Patria" con los nombres de los miembros de la Marina danesa que perecieron durante la Segunda Guerra Mundial.
Hasta que se prohibieron las inhumaciones en el interior de la iglesia en 1805, probablemente se enterraron unas 300 personas.
