Lo más antiguo que sabemos de Leyre es que allá por el año 848 el abad se llamaba Fortunio y era lo suficientemente importante como para ser visitado por san Eulogio de Córdoba. El aspecto de la iglesia prerrománica debía darse un aire al Conventín de Valdediós en Asturias (3 naves, cabecera recta al exterior) solo que este monasterio era más bien consecuencia de la influencia carolingia en la zona.
La iglesia actual es el resultado de diversas etapas constructivas que se iniciaron durante el reinado de Sancho Garcés III el Mayor de Pamplona, en el primer románico de principios del siglo XI, y se terminaron a principios del siglo XVI en estilo gótico muy tardío.

Sancho el Mayor, y más tarde su hijo García de Nájera, impulsaron la edificación de la nueva iglesia después de que la anterior fuese arrasada por Almanzor hacia el 985. Estas obras del primer románico fueron consagradas por el nieto, Sancho el de Peñalén (el que empujaron por el barranco) un 27 de octubre de 1057, en presencia de la flor y nata de la corte navarra y de su tío Ramiro I, rey de Aragón.
Hablamos de los tres ábsides de la cabecera, de la cripta que está debajo y del campanario hasta las ventanas tríforas (el piso de encima es posterior):


Como paga el rey todo el material es sillar pétreo, grande, regular y bien acabado
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La Corona no repara en gastos

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La expresión suprema de la belleza es la sencillez.
Alberto Durero.